A ragyogó Aragóniai korszak aképpen fejeződött be Nápolyban, hogy az utolsó Aragón uralkodónő, Giovanna “la Pazza” III d’Aragona beházasodott a Habsburg-dinasztiába. Fia, Carlo V di Spagna már mint spanyol-Habsburg uralkodó lép Nápoly trónjára (1516). Innen számolják a Spanyol alkirályok korszakát.
Carlo V birtoka hatalmas volt, “országában soha nem nyugodott le a nap”. Madridból kormányozta a Habsburg Birodalmat, ami Kasztília, Aragónia, Valencia, Portugália, Katalónia, Andalúzia, Hollandia, Szicília, Szardínia (és egy ideig Ausztria, Horvátország, Csehország, Magyarország) királyságaiból állott, és aminek Nápoly is a részét képezte. Kis falat volt a térképen, így az uralkodó mindössze egyszer járt személyesen a városban. A következő több mint kétszáz évben összesen 52 spanyol alkirály irányította Nápolyt.
Madrid azonban messze volt, a királyi parancsokat nem mindig hajtották végre Nápolyban maradéktalanul. 1507-ben például Ripacosa be akarta telepíteni a spanyol mintájú inkvizíciót. Ám a város ez ellen egységesen fellázadt, és Nápolyban egyetlenegy máglyát sem égettek el eretnekekkel. A város 1528-ban francia ostromot állt ki, utána a pestis tizedelte a lakosságot, pár évtizeddel később pusztító földrengés rázta meg a helyet, mely Nápoly jó részét romokkal borította be. 1647-ben Masaniello, a halász vezetésével népfelkelés tör ki, mely rossz véget ér.
Megkezdődött Nápoly spanyollá formálása, külföldi behatások érték a várost, a spanyolok színpadiassága, érzelemfűtöttsége az ittenieken is nyomot hagyott, megjelent az erős külsőségekkel kísért mély vallásosság. Spanyol stílusú palotákat és templomokat kezdenek építeni. Nápoly Párizs után Európa második legnagyobb városa lesz, lakosainak száma 300 ezer körül mozgott.
Az első városrendezések Don Pedro Alvarez de Toledo alkirály nevéhez kötődnek, irányítása alatt a megnövekedett lakosság miatt kijjebb tolják a városfalakat nyugati irányba. Megépül a Via Toledo (1536) és a Spanyol negyed (Quartieri Spagnoli).
Spanyol mintára átszervezi az egyetemet, amit később a San Domenico kolostorból a mai MANN helyére költöztetnek. A Castel Capuanóból királyi rezidencia helyett bírósági épületet csináltat, alagsorában börtönnel (1537).
Megépítteti a spanyolok nagy templomát, a Basilica di San Giacomo degli Spagnolit (1540) a mai Municipión.
Carlo V di Spagna után apáról fiúra öröklődik a Habsburg Birodalom és a Nápolyi Királyság is: Filippo I, Filippo II, Filippo III és Carlo II d’Asburgo követik egymást a trónon, akik helyett szintén spanyol alkirályok uralkodtak Nápolyban.
A régi omladozó templomokat barokk stílusban teljesen újjáépítik, a középületek külső-belső megjelenése is spanyol barokk díszítést kap. A török kalóztámadások miatt Don Pedro Afán De Ribera nápolyi alkirály elrendeli a királyság partvonalán a szaracén tornyok megerősítését. A Lepantói csatában (1571) Nápoly összefog Velencével és Genovával, s hajóhadával legyőzi a török flottát. Ennek a csatának az emlékére nevezik el a Piazza Vittoriát. Előtte az oszlop a tengerparton a tengerbe veszett áldozatoknak állít emléket. A felégetett hajókikötőt újra kellett építeni, így azt nyugatabbra tolták, a mai Molosiglio felé. Műhelyekkel, munkásszállással, sőt saját kápolnával és bírósági épülettel. Megépül az Arsenale, a fegyverraktár is (1577). A jezsuiták felépítik kolostorukat és templomukat, a Gesù Nuovót (1584).
Don Ferrante de Castro alkirály a nép összes pénzét arra költi, hogy Filippo II spanyol király fogadására méltó királyi palotát építtessen (a mai Palazzo Reale elődjét), ám a király végül soha nem érkezett meg a látogatásra. A palota a spanyol alkirályok palotája lesz (Palazzo Vicereale).
Megépül a Fontana del Nettuno (1601), ami Nápoly legszebb szökőkútja mind a mai napig.
Don Antonio Álvarez de Toledo kinyittatja a Port’Alba két bástyája közti kaput és összeköti a decumanókat és az antik városrészt az újjal (1625).
Don Pedro de Aragón megépítteti a Fontana di Monteoliveto kutat (1669), ami Carlo II d’Asburgo királynak állít emléket, aki minösszesen négy éves volt, amikor a trónra került.
Carlo II utódjául francia rokonát, a “Napkirály” XIV. Lajos unokaöccsét, Filippo IV di Borbonét nevezi ki, mivel maga gyermektelen volt. Osztrák édesanyjának családja nem nézte ezt jó szemmel, így megindult a Spanyol örökösödési háború. Ennek az ultrechti béke vetett véget (1713), melyben Filippo IV lemondott a Hollandiai, a Milánói és a Nápolyi trónról Carlo III d’Asburgo javára.
A város újra megelevenedik, új utakat építenek a Vezúv felé, megindul a terjeszkedés. Domenico Scarlatti zeneszerzőnek és Giambattista Vico filozófusnak köszönhetően fellendül a kulturális élet, beindul a festészet. Elindul a Grand Tour. Nápoly kutatni kezdi római és görög múltját.
Bari mellett, Bitontóban Carlo III di Borbone legyőzi az osztrák csapatokat és elfoglalja a Nápolyi Királyság trónját (1734). Megkezdődik a Bourbonok uralma.
Dél-Olasz Dolce Vita 